Wohl schon seit dem Ende des Mittelalters hat in Gabelbachergreut eine Kapelle zu Ehren des Hl. Leonhard gestanden. Ein erster Hinweis auf die Kapelle ist im Sal- und Urbarbuch von 1564 zu finden. Genauere Informationen darüber sind jedoch nicht bekannt. Bereits im Jahre 1724 wurde aber schon von dem schlechten Zustand der Kapelle berichtet.
Dreizehn Jahre später, 1737, wurde mit dem Abbruch der alten Kapelle und dem Neubau der jetzigen Kirche begonnen. Dabei blieb der Turm (wohl aus dem frühen 16. Jahrhundert) - der zu jener Zeit ein Satteldach trug - stehen.
Die Pläne für den Neubau stammten von Johann Benedikt Ettl, Bauherr war vermutlich Matthias Kraus.
Eingeweiht wurde die Kirche am 03. Oktober 1746 durch den Weihbischof Johann Jakob von Mayr.
Die Kirche wurde mehrmals restauriert (so 1937 und 1992/93).
Im Jahr 2001 wurde der Kirchvorplatz mit der Aufstellung eines Brunnens umgestaltet.